A 20 de janeiro de 1941, foi criado o Ministério da Aeronáutica, tendo como primeiro Ministro o Dr. Joaquim Pedro Salgado Filho.

Devido às suas dimensões continentais, o território Brasileiro foi dividido, na época, em cinco zonas aéreas. Dessa forma, um ano e três meses após a criação do Ministério da Aeronáutica, a 27 de março de 1942, nascia a "4ª Zona Aérea", hoje denominada IV COMAR. Instalou-se provisoriamente no Campo de Marte, tendo sob sua jurisdição os Estados de São Paulo e Mato Grosso. No mesmo ano de sua criação, sua sede foi transferida para um velho prédio na rua Epitácio Pessoa nº 57, nesta Capital.

Ainda em 1942, o Ministério da Aeronáutica, consciente da importância estratégica da 4ª Zona Aérea, cria comissões para a implantação, na sua jurisdição ,da Academia da Força Aérea, da Escola de Especialistas de Aeronáutica e do Centro Técnico da Aeronáutica.

Naquele mesmo ano, preocupado com as Fronteiras do Centro Oeste, a 4ª Zona Aérea constrói e ativa a pista de Forte Coimbra . Em 1945 constrói a Base Aérea de Cumbica, transferindo, do Campo de Marte para Guarullhos, a antiga Base Aérea de São Paulo.

Em meados de 1944, mudava-se para a rua Bento Freitas, nº 420 e, no início de 1946, sua sede foi mais uma vez transferida para o Largo Santa Ifigênia, nº 40. Finalmente, em 1967, mudou-se para a atual sede à Av. D. Pedro I., nº 100, no bairro do Cambuci.

Suas sucessivas mudanças de sede, jamais desviaram a grande Organização de sua principal missão - exercer a representação do Comando da Aeronáutica e apoio às Organizações Aeronáuticas na área sob sua responsabilidade.